Knowledge Base

  1. Ausschaltverbot
  2. Linux
  3. Mittelerde
  4. RZ-Fileserver
  5. Firefox
  6. Acroread
  7. E-Mail
  8. SSH-Zugriff
  9. NX-Client
  10. X2Go-Client
  11. Abschaltung
  12. Queue
  13. Sicherheit
  14. Scratch

Ausschaltverbot

Die Rechner nie selbstständig ausschalten oder neustarten (rebooten)!

Dies hat den einfachen Grund, dass im Hintergund Prozesse anderer Benutzer laufen können, z.B. User per SSH eingeloggt, Grid-Jobs, System-Upgrades, die ihr damit gewaltsam abschießen würdet.

Falls ein Problem auftritt schicke stattdessen einfach eine kurze Mail mit dem Rechnernamen und kurzer Problembeschreibung an support@phyma.uni-konstanz.de. So können wir versuchen das Problem endgültig zu beheben um zu verhindern, dass nicht auch andere Benutzer darüber stolpern.

Linux

Mittelerde

Physiker bekommen automatisch mit dem Mittelerde-Account einen Account in PhyMa. PhyMa-Accounts gibt es aber auch einzeln für nicht Physiker/innen (ohne Zugriff auf Mittelerde). Die Passwörter sind für beide Accounts (Mittelerde und PhyMa) identisch.

Da die Homeverzeichnisse allerdings getrennt verwaltet werden, befindet sich in Mittelerde ein Link im Kickoff-Menü, der direkt auf das Homeverzeichnis des jeweiligen Benutzers in PhyMa zeigt. Nach dem Anklicken des Icons ist lediglich noch das Passwort einzugeben.
Um das Passwort nicht immer eingeben zu müssen kann man sich einen SSH-Key einrichten.
Entsprechendes gilt auch umgekehrt für die Benutzung aus PhyMa.

RZ-Fileserver

Es befindet sich in PhyMa ein Link im Kickoff-Menü, der direkt auf den Speicherplatz des Rechenzentrums für den jeweiligen Benutzer verweist. Nach dem Anklicken des Icons ist nur noch das entsprechende Passwort einzugeben.

Damit der Link funktioniert, musst man allerdings den Speicherplatz beim Rechenzentrum schonmal benutzt haben. Das Homeverzeichnis wird vom Rechenzentrum nämlich erst bei Erstbenutzung eingerichtet. Dies geschieht z.B. durch Aufruf von smb://files.uni-konstanz.de/popXXXXX im Dolphin (Dateimanager von KDE), wobei popXXXXX durch die eigene POP-ID zu ersetzen ist.

Um nicht immer das Passwort des Rechenzentrums (E-Mail-Passwort) eingeben zu müssen, kann man es unter
KDE Menü → Systemeinstellungen → Allgemein → Freigabe
als Standard-Passwort für Windows-Freigaben angeben und speichern lassen.

Es ist auch möglich das Fileserver-Verzeichnis nach /media zu mounten, mit den Kommandos mount_my_rzhome und umount_my_rzhome.

Firefox

Problem: Firefox läuft schon
Lösung: Lösche die lock und .parentlock Datei im Firefox Verzeichnis:
rm -f ~/.mozilla/firefox/*{lock,.parentlock}

Problem: Buttons funktionieren nicht und Bookmarks werden nicht angezeigt
Lösung: lösche die places.sqlite und places.sqlite-journal Datei im Firefox Verzeichnis:
rm -f ~/.mozilla/firefox/*/places.sqlite*
Die Bookmarks dann folgendermaßen wieder laden:
Menu Bookmarks → Organize Bookmarks → Import and Backup → Restore
Scheinbar reicht es aus, diese Dateien in einem Editor zu öffnen und korrekt abzuspeichern. Dieser Lösungsansatz ist aber noch nicht gut getestet, wäre aber mit weniger Datenverlust verbunden.
(Wenn jemand diesen Weg wählt, könnte er oder sie die Erfahrungen an support@phyma.uni-konstanz.de schreiben.)

Problem: Web-Search funktioniert nicht
Lösung: Lösche die formhistory.sqlite Datei im Firefox-Verzeichnis:
rm -f ~/.mozilla/firefox/*/formhistory.sqlite*

Gesamtes Problem lösen
rm -f ~/.mozilla/firefox/*/{lock,.parentlock,places.sqlite*,formhistory.sqlite*}
Danach die Bookmarks wie beschrieben laden.

Deutsches Wörterbuch benutzen
Um im Firefox das deutsche Wörterbuch benutzen zu können, einfach folgenden Link bei Firefox eingeben:
https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/downloads/latest/3077/addon-3077-latest.xpi
Nach Klick auf Installieren folgt die Frage ob man der Quelle vertraut. Dies kann man mit Install Now bestätigen.
Nach dem Neustart von Firefox sollte das neue Wörterbuch als Standard eingestellt sein.
Weitere Sprachen gibt es unter: https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/browse/type:3

Acroread

Will man eine PDF-Datei mit Adobe Reader öffnen und findet diesen weder im Kontextmenu bei "Open with" (rechte Maustaste) noch im Startmenü, so kann man ihn folgendermaßen wieder einbinden:

E-Mail

Als E-Mail-Anwendung empfehlen wir Mozilla Thunderbird oder KMail.
In der Anleitung des Rechenzentrums werden die nötigen Einstellungen für u.a. Thunderbird beschrieben.

Jeder Benutzer in PhyMa erhält automatisch eine E-Mail-Adresse der Form:
username@phyma.uni-konstanz.de und
vorname.nachname@phyma.uni-konstanz.de

Mails an diese Adressen werden entsprechend der .forward-Datei im Homeverzeichnis weitergeleitet (standardmäßig an die Uni-E-Mail-Adresse).

Ein E-Mail-Alias für spezielle Zwecke kann online beantragt werden.

SSH-Zugriff

NX-Client

Wir empfehlen für den Remote-Zugriff via NX den nxclient. knx hatte in unseren Versuchen Probleme mit der AltGr-Taste, was eine erhebliche Einbuße an möglichen Zeichen darstellt (z.B. []{} und @).
Es gibt auch eine Windows-Version von NoMachine.

Konfiguration des nxclient:
Nach dem der nxclient gestartet wurde (über die Konsole: nxclient eingeben oder über
KDE Menü → Internet → NX Client for Linux → NX Client for Linux) sollte man einen beliebigen Session-Namen eingeben und mit Create bestätigen. Durch Klicken auf den Configure... Button kommt man in das Konfigurationsmenü. Die wichtigsten Einstellungen sind auf der General Seite. Dabei reicht es im Prinzip das Feld Server → Host auszufüllen (login.phyma.uni-konstanz.de).
Nach Drücken des OK Buttons und Eingabe des Login-Namens und des Passwortes (wie beim Mittelerde-Account), sollte eine lauffähige NX-Verbindung aufgebaut werden (der Desktop des Zielrechners erscheint in einem neuen Fenster).
Unter dem Punkt Desktop kann man statt der Kombination Unix + KDE die Kombination Unix + Custom verwenden, welche dann die Möglichkeit für weitere Einstellungen über den Button Settings... erlaubt. Dort sollte man dann die Optionen Run the default X client script on server und New virtual desktop auswählen und mit OK bestätigen. Mit dem darunterliegenden Schieberegler kann man die Geschwindigkeit der Verbindung einstellen (im Uni-Netz kann man auf WAN oder LAN gehen.)
Bei Display kann man die Große des Fensters einstellen.
Bestätigt man wieder die Eingabe mit Ok und loggt sich wieder ein (evtl. Password neu eingeben), so sollte man den Bildschirm so sehen, als würde man vor dem Rechner sitzen.

X2Go-Client

Als Alternative zum NX-Client funktioniert inzwischen die Remote-Verbindung auch mittels X2Go. Passende Clients für Windows, Mac und Linux gibt es im X2Go-Wiki.

Konfiguration des X2Go-Client:
Die Einrichtung läuft vergleichbar zum nxclient ab. Für eine einfache Verbindung reicht es, einen beliebigen Sitzungsnamen und die Serveradresse (login.phyma.uni-konstanz.de) anzugeben. Falls ihr für die Verbindung ein passendes Icon haben wollt, könnt ihr das herunterladen.

Da wir selbst noch in der Testphase sind würden wir uns freuen, wenn ihr uns eure Erfahrungen und Probleme damit mitteilen würdet!

Abschaltung

Die Rechner in Mittelerde und PhyMa werden, wenn sie nicht gebraucht werden, automatisch nach Feierabend ausgeschaltet und am Morgen wieder eingeschaltet (Schlafenszeit...).
Sollte beim automatischen Einschalten etwas schieflaufen, einfach eine Mail an support@phyma.uni-konstanz.de schreiben, nicht selbstständig Rechner ein- oder ausschalten.

Damit durchgehend ein Rechner zuverlässig von außen erreichbar ist, wird der Terminalserver login.phyma.uni-konstanz.de (bart) nicht heruntergefahren. Er ist per NX oder SSH vom Uni-Netz (bzw. VPN) erreichbar.

Queue

Im Pool ist für verteiltes Rechnen die Grid Engine (SGE) installiert.

Jeder (fortgeschrittene) Benutzer hat die Möglichkeit SGE-Jobs in die Queue zu stellen. Dies ist sinnvoll, wenn man parallelisierte Programme geschrieben hat, die auf mehreren Rechnern laufen und längere Rechnungen durchführen.
Der Vorteil ist, dass Jobs "abgeschickt" werden können und man sich keine Gedanken über die aktuelle Auslastung der einzelnen Rechner machen muss. Falls der Job am Morgen noch nicht fertig ist, kann er im Hintergrund bei niedriger Prioritiät weiterechnen, ohne andere Benutzer zu behindern.

Um einen Job in die Queue zu stellen erstelle man ein Programm oder Bash-Script mit den gewünschten Kommandos (test.sh) und rufe dann einfach auf: qsub test.sh.
Den Status der Queue fragt man mit qstat -f ab.

Sicherheit

Scratch

Jeder Benutzer kann Daten auf /scratch (Teil der lokalen Festplatte eines Computers) ablegen.
Zuerst sollte man allerdings einen Ordner unter dem eigenen Namen (bzw. Account-Namen) anlegen, in den dann die Dateien abgelegt werden können. Auf der Konsole geht dies mit mkdir /scratch/$USER/.
Standardmäßig kann nur der Benutzer, der den Ordner angelegt hat, Dateien hinzufügen oder ändern. Jedoch können alle den Ordner öffnen und lesen. Soll dies verhindert werden, dann muss der Befehl chmod 700 /scratch/$USER/ eingegeben werden. Sollen jedoch auch andere Dateien hinzufügen und ändern können, so muss man chmod 770 /scratch/$USER/ in die Konsole eintippen.
Wenn mehrere Benutzer Dateien anlegen und verändern, muss man auf die Rechte der einzelnen Dateien achten! Mit chmod -R 770 /scratch/$USER/ haben alle User alle Rechte auf den Ordner und alle Dateien die sich darin befinden.
Wird eine neue Datei angelegt oder in den Ordner verschoben, so hat diese jedoch wieder standardmäßig nur Leserechte für andere Benutzer. Will man dies ändern, dann muss man den oberen Befehl (chmod 770 /scratch/$USER/<Datei>) auf die Datei anwenden.
Um von einem anderen Rechner aus Zugriff auf diese Daten zu bekommen, muss man mittels SSH auf den Rechner zugreifen, auf dessen scratch die Daten gespeichert sind (siehe SSH).

Die Scratch-Daten eines Benutzers werden nicht ohne vorherige Benachrichtigung gelöscht. Es kann aber zu technischen Problemen kommen (Festplatte kann kaputt gehen...), die einen Datenverlust zur Folge haben können. Im Gegensatz zu den Daten im Home-Verzeichnis, die nicht lokal gespeichert werden, besitzen diese Daten kein Backup, d.h. bei wichtigen Daten sollte der Benutzer selbst ein Backup erstellen (aber nicht auf der selben Festplatte!)